פרוטוזואולוגיה הוא התחום המדעי בביולוגיה העוסק בחקר תת-הממלכה פרוטוזואה, ששייכת לממלכת הפרוטיסטים- יצורים איקריוטיים שאינם בעלי חיים, צמחים או פטריות.