ריצוף אילומינה
ריצוף צבעני אילומינה (באנגלית: Illumina dye sequencing), היא שיטת ריצוף וצביעה של חברת אילומינה, המשמשת לריצוף דנ"א כלומר לקביעת הרצף של זוגות בסיסים ב-DNA . השיטה פותחה על ידי חוקרים בחברת Manteia Predictive Medicine (אשר נרכשה על ידי חברת סולקסה [Solexa] ב-2004) וסולקסה עצמה, אשר גם היא נרכשה לאחר מכן על ידי חברת אילומינה. שיטה זו מבוססת על שימוש בצבעים הפיכים אשר מאפשרים את הזיהוי של בסיסים בודדים בעת שהם מצורפים לרצף ה-DNA. שיטה זו מיושמת לרוב לריצוף אזורים מסובכים, כגון הומו-פולימרים ורצפים חוזרים. היא יכולה לשמש לריצוף מלא של גן או לאזור מסוים, גילוי RNA קטן, הכנת פרופיל מתליציה וניתוח אינטראקציות בין חלבונים לחומצות אמינו בכל הגנום.
תהליך הריצוף
התהליך הבסיסי בטכניקה זו הוא כדלהלן: בתחילה, מולקולות DNA מחוברות לפריימרים על משטח ואז מוגברות כך שנוצרים אגדים. טכניקה זו של יצירת אגדים יוצרה ופותחה בסוף שנת 96 ב-GBRI)Glaxo-Welcome's Geneva Biomedical Research Institute, על ידי ד"ר פסקל מאייר וד"ר לורנט פארינלי והוצגה לציבור לראשונה בשנת 98'.
4 סוגים של בסיסים מוספים (אדנין, תימין, ציטוזין וגואנין), כשאר כל אחד צבוע פלואורסצנטי בצבע אחר ומחובר לקבוצה חוסמת החוסמת את הצבע. ארבעת סוגי הבסיסים מתחרים על אזורי הקישור בתבנית ה-DNA לטובת הריצוף ומולקולות שלא נקשרו נשטפות. אחרי כל סינתזה, מסירים באמצעות לייזר את הקבוצה החוסמת בקצה ה-3'. דבר זה מאפשר לצבע להיות גלוי, מה שמאפשר לזיהוי של הבסיס לטובת הריצוף ומעבר לסבב הבא. התהליך חוזר על עצמו עד אשר כל מולקולת ה-DNA מרוצפת, בין כל הוספה של נוקלאוטידים יש צורך בשטיפות, מדובר בתהליך ארוך אשר יכול לארוך שבועיים.
השוואה לשיטות אחרות
לטכניקה זו מספר יתרונות על פני שיטות ריצוף מסורתיות כגון ריצוף סנגר. בזכות אוטומטיות התהליך, ניתן לרצף מספר גדילים יחד ולקבל את המידע במהירות. בנוסף, שיטה זו זקוקה רק לדנ"א פולימראז בניגוד למס' האנזימים היקרים הנדרשים בשיטות אחרות.
דוגמה לשימוש
בתהליך זה נעשה שימוש לריצוף ה-RNA של בטטות וניתוח הסוג (טקסונומיה) של עצי הטקסוס.
ראו גם
