ChIP-seq
ChIP-seq או ChIP-sequencing היא שיטה המשלבת מיצוי נוגדני של כרומטין (ChIP) יחד עם ריצוף מסיבי של DNA כדי לחקור אינטרקציות של חלבונים עם DNA. שיטה זו מאפשרת לזהות אתרי קישור ב-DNA המקושרים לחלבונים, ולזהות את כל האתרים האלו בצורה גלובלית (למשל על פני כל הגנום) עבור חלבון מסוים. בעבר הייתה שיטת ChIP-chip השיטה הנפוצה כדי לחקור אינטרקציות כאלו בין חלבונים ל-DNA.
שימושים
ChIP-seq משמש בין היתר כדי לקבוע כיצד גורמי שעתוק וחלבונים אחרים משפיעים על מנגנונים: למידת ההיקשרות של חלבונים ל-DNA והשפעתה על בקרת ביטוי גנים חיונית להבנה של תהליכים ביולוגיים רבים ומחלות. מידע אפיגנטי זה הוא מידע משלים לגנוטיפ ולניתוח ביטוי הגנים. ChIP-seq משמש כתחליף ל-ChIP-chip, אשר דורש מערך היברידיזציה (hybridization array). דרישה זו יוצרת הטיה מסוימת, שכן המערך מוגבל במספר קבוע של גלאים (probes). בריצוף כפי שנעשה ב-ChIP-seq, ההטיה פחותה, אף כי עשויה להיות הטיה הנגרמת כתוצאה משיטות הריצוף עצמן.
ניתן לבודד אתרי DNA ספציפיים עם אינטרקציה פיזית ישירה עם גורמי שעתוק וחלבונים אחרים ניתנת באמצעות מיצוי נוגדני של כרומטין. ChIP מאפשר ליצור ספרייה של אתרי מטרה ב-DNA הקשורים לחלבון מסוים in vivo. ניתן להשתמש ב-ChIP לתפיסת חלבונים שיש נגדם נוגדנים כדוגמת גורמי שעתוק, פולימראזות או מודיקפציות בחלבונים. בשל הצורך בנוגדנים כנגד החלבון הנבדק, פותחו גם שיטות אחרות לזיהוי אזורים המאוכלסים בנוקלאוזומים ואזורים פתוחים יותר בגנום כדוגמת DNase-Seq ו-FAIRE-Seq.
