EcoRI
EcoRI (מבוטא כ- "Eco R 1") הוא אנזים אנדונוקלאז שבודד מזנים של E. coli. אנזים זה הוא אנזים הגבלה המשמש את E. coli להגנה מפני בקטריופאג'ים.
בביולוגיה מולקולרית נעשה בו שימוש רב כאנזים הגבלה. הוא יוצר קצוות דביקים (מדורגים). רצף הנוקלאוטידים שאותו חותך האנזים הוא GAATTC, שהוא פלינדרום מאחר שהרצף הקומפלמנטרי הוא CTTAAG.
מבנה
EcoRI הוא הומודימר המורכב מתת יחידות של 31 קילודלטון המכילות לולאות, המקיפות את ה-DNA כאשר EcoRI נקשר אליו.
המבנה של EcoRI המחובר לרצף שאותו הוא חותך בדרך כלל פוענח באמצעות קריסטלוגרפיה, ומבנה זה מצביע על כך שתת-היחידות שלו מתקשרות עם ה-DNA באופן סימטרי. בתצמיד, שני סלילי אלפא מתת היחידות השונות, יוצרים יחד אריזה של ארבעה סלילים. בסלילים אלו השיירים Glu144 ו-Arg145, מתקשרים יחד ויוצרים טבעת.
שימושים
אנזימי הגבלה כמו EcoRI נמצאים בשימוש רב במסגרת הגנטיקה המולקולרית ובפרט בשיבוט מולקולרי, מיון DNA ומחיקת קטעי DNA אין ויטרו. EcoRI, כאנזימי הגבלה אחרים היוצרים קצוות דביקים, משמשים לעיתים קרובות לחיתוך DNA לפני חיבור של מקטעי DNA (באמצעות ליגאז), מאחר שקצוות דביקים הופכים את החיבור ליעיל יותר. EcoRI יכול לבצע חיתוך גם באתרים לא ספציפיים, תופעה המוכרת כ"Star activity", בהתאם לתנאים שבהם נעשית הריאקציה. תנאים שעשויים לגרום לכך הם ריכוז מלח נמוך, ריכוז גליצרול גבוה, כמות מוגזמת של האנזים בריאקציה, pH גבוה וממסים אורגניים מסוימיים.
