Folding funnel
Folding funnel היא גרסה ספציפית של תאוריית משטח האנרגיה, השייכת לתאוריית קיפול חלבונים (energy landscape theory of protein folding). תאוריה זו גורסת שבמדיום התאי, כלומר בתמיסה הנוזלית - ציטופלסמה, חלבונים ימצאו במצבם הנטיבי/פעיל, מצב בו האנרגיה החופשית מינימלית. חלבונים עשויים להיכלא בתצורה בה אינם מקופלים במלואם למצבם הנטיבי ובסביבה זו ימצאו באנרגיה חופשית גבוהה מאד, למרות זאת, ההיפותזה יוצאת מנקודת הנחה שהמצב הנטיבי הוא מינימום אנרגטי המגיב עם מבנה שלישוני יחיד ומוחלט. גישה זו כיוונה לרעיון שקיפול חלבון הוא המצב האופטימלי לבעיה האנרגטית. אולם, במציאות, אנרגיה חופשית מכילה בתוכה גם אנתלפיה ואנתרופיה אשר לא מאפשרים לחלבון להגיע למצב האופטימלי באופן ישיר.
בין היפותזה זו להיפותזת הקריסה ההידרופובית (hydrophobic collapse), קיים דמיון רב בשל עקרון מנחה משותף. רצף של חומצות אמינו בעלות שיירי צד הידרופוביים בסביבה הידרופילית, הם המספקים את הכוח המניע לקיפול החלבון למצב בו השיירים ההידרופוביים מופנים לפנים החלבון וגורמים לייצובו. מצב זה מאפשר לממס (מים במקרה זה) להגדיל את האנתרופיה בצורה מקסימלית ובכך להוריד את סך האנרגיה החופשית. שיירי טעונים, הידרופיליים, על פני שטח החלבון מקיימים קשרים אלקטרוסטטיים עם המים ובנוסף קיום של גשרי מלח בליבת החלבון, מורידים עוד את האנרגיה החופשית ותורמים לייצובו. אותו מצב של קיפול חלקי המוזכר למעלה (molten globule state) הנגרם בדרך כלל מחומציות או טמפרטורה גבוהה נחזה על ידי ההיפותזה Folding funnel. מצב זה מתואר כחלבון שעבר קריסה הידרופובית אך טרם נוצרו כל הקשרים הסופיים (קשרי מימן, גשרי מלח ועוד) המאפשרים את המצב הנטיבי.
בצורה תיאורית, מוסברת ההיפותזה כבאר אשר עומקה מייצג את הייציבות האנרגטית בתצורה הנטיבית נגד התצורה הדנטורטיבית (פתוחה / לא פעילה) (ראו איור). רוחב הבאר מייצג את ייצוב התצורה הדנטורטיבית בשל אנתרופית המערכת. פני השטח השטוחים חיצונית לבאר מייצגים את ההטרוגניות הקיימת בתצורות רנדומליות של סליל (random coil state). שם ההיפותזה Funnel - משפך Folding - קיפול, נובע מהאנלוגיה בין צורת הבאר לצורת משפך, נוזלים הזורמים דרכו עוברים משטח רחב ומפוזר לשטח צר במבנה מקובץ ומרוכז.
