"ספרים אחרים שכתב ולא פרסם, בעיקר ספרי הלכה, על טור יורה דעה, חידושים הלכתיים על הבבלי והרי"ף, וריקונסטרוקציה תלמודית לסדרי זרעים וטהרות, (שאין להן תלמוד) עם פירוש רש"י ותוספות משלו, אבדו בשריפה בשנת ה'שמ"ט"
לפחות אחד מהספרים הנ"ל - חידושיו על טור יו"ד - מצוי בידנו (אם כי השימוש בו אינו נפוץ בעולם הישיבות וההלכה משום מה) כאן יש קישור לספר 'חידושי מהר"ל מפראג - ע"ט יו"ד' באתר היברו-בוקס.