הנהלת הרכבת המנדטורית שכנה במתחם תחנת הרכבת חיפה מזרח, והסדנאות הראשיות של הרכבת היו בקישון ובלוד. בחיפה השתמשה הנהלת הרכבת בעיקר במבנים ומתקנים שהותירה אחריה הרכבת החיג'אזית. מיקומה של ההנהלה בצפון הארץ ביטא את החשיבות האסטרטגית שייחסו הבריטים לחיפה, בזכות הנמל הנוח במקום ובזכות היות חיפה צומת רכבות מרכזי בין עבר הירדן ממזרח, סוריה מצפון ומצרים ושאר ארצות אפריקה מדרום.