ברקן התגייס לצה"ל ב-1985 והתנדב לקורס טיס. הוא סיים את קורס 115 במגמת נווטי קרב כחניך מצטיין. בשנים 2000–2003 פיקד על טייסת המל"טים הראשונה. לאחר מכן שימש ראש ענף ארגון במטה חיל האוויר. ב-2005 מונה למפקד טייסת העמק, טייסת מטוסי F-16D (ברק). הוא פיקד על הטייסת במלחמת לבנון השנייה במהלכה השתתפה בהשמדת משגרי הטילים ארוכי הטווח של חזבאללה בלבנון והפילה כטב"ם מסוג אבאביל של החזבאללה. בהמשך שירת כראש מחלקת תכנון וארגון במטה חיל האוויר.