Entrez

מתוך המכלול, האנציקלופדיה היהודית
קפיצה לניווט קפיצה לחיפוש
Crystal Clear app help index.svg
ערך ללא מקורות
בערך זה אין מקורות ביבליוגרפיים כלל, לא ברור על מה מסתמך הכתוב וייתכן שמדובר במחקר מקורי.

אנא עזרו לשפר את אמינות הערך באמצעות הבאת מקורות לדברים ושילובם בגוף הערך בצורת קישורים חיצוניים והערות שוליים.
אם אתם סבורים כי ניתן להסיר את התבנית, ניתן לציין זאת בדף השיחה.

Gnome-colors-edit-find-replace.svg
יש לשכתב ערך זה. ייתכן שהערך מכיל טעויות, או שהניסוח וצורת הכתיבה שלו אינם מתאימים.
אתם מוזמנים לסייע ולתקן את הבעיות, אך אנא אל תורידו את ההודעה כל עוד לא תוקן הדף. אם אתם סבורים כי אין בדף בעיה, ניתן לציין זאת בדף השיחה.
Gnome-edit-clear.svg
ערך זה זקוק לעריכה: ייתכן שהערך סובל מבעיות ניסוח, סגנון טעון שיפור או צורך בהגהה, או שיש לעצב אותו, או מפגמים טכניים כגון מיעוט קישורים פנימיים.
אתם מוזמנים לסייע ולתקן את הבעיות, אך אנא אל תורידו את ההודעה כל עוד לא תוקן הדף. אם אתם סבורים כי אין בדף בעיה, ניתן לציין זאת בדף השיחה.

Entrez (מבוטא ɒnˈtreɪ) הוא מנוע חיפוש ושליפה אינטרנטי המאפשר למשתמשים לחפש בו-זמנית במסדי נתונים רבים מתחומי הבריאות השונים השייכים למרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי -ה-NCBI. משמעות השם היא ברכה בצרפתית המזמינה אדם להיכנס, נבחר כדי לשקף את רוח קבלת הפנים המזמינה את הציבור הרחב להשתמש בתכני המאגרים.

מנוע החיפוש המספק גישה לכל מסדי הנתונים בו זמנית עם מחרוזת שאילתה אחת וממשק משתמש אחד. Entrez יכולה לשלוף ביעילות רצפים (של DNA, RNA וחלבונים), מבנים והפניות רלוונטיות. המערכת יכולה לספק תצוגות של רצפי גנים, חלבונים ומפות של כרומוזומים. ישנם ספרי לימוד זמינים גם באופן מקוון דרך מערכת זו.

היסטוריה

בשנת 1991 Entrez הושק על דיסק. בשנת 1993 היה ניתן לגשת לגרסה אינטרנטית באמצעות שרת, וב-1994 הושק אתר האינטרנט.

מאפיינים

העמוד הראשי של Entrez מספק כברירת מחדל גישה לשאילתה הגלובלית, המחפשת בכלל מאגרי המידע הזמינים. ניתן להיעזר בשאילתה בקשרים לוגיים, ובנוסף ניתן להגביל את מרכיבי החיפוש השונים לשדות מסוימים. כתוצאה מתקבל דף המציג בראשו את התוצאות הרלוונטיות ביותר מתוך המאגרים עצמם, וכן רשימת המאגרים ומספר ההתאמות לחיפוש בכל אחד ממאגרי המידע, המהווים קישור לתוצאות החיפוש בפועל עבור כל מאגר.

ל-Entrez ממשק דומה לחיפוש בכל מאגר בפני עצמו. בכל מאגר ניתן להשתמש בשדות חיפוש ייעודיים, כגון הגבלת אורך הרצף המבוקש במאגר הנוקליאוטידים. במאגרים אלו ניתן להשתמש באפשרות החיפוש המתקדם, ולבנות שאילתות בצורה אינטראקטיבית. בעמוד זה ניתן גם לצפות בהיסטורית החיפושים, המוצגת כטבלה עם שאילתת החיפוש, מספר התוצאות ותאריך החיפוש. בנוסף, ניתן להוסיף את החיפוש להיסטוריה מבלי להיכנס לתוצאות עצמן. את התוצאות ניתן לייצא כקובץ, או להעתיק ללוח העתקה. ניתן לייצר התראה לדואר האלקטרוני במידה ונוסף למאגר פריט חדש המתאים לשאילתה המבוקשת. כלי זה נמצא בשימוש נרחב בכל תחומי הביולוגיה ככלי עזר לסטודנטים ולאנשי מקצוע כאחד.

מאגרי מידע כלולים

המאגרים הכלולים מחולקים לשש קטגוריות[1]: 1. ספרות:

2. גנים:

  • גנים - מאגר מידע המכיל מידע על גנים.
  • נתוני GEO - נתונים של ניסויים רחבי היקף.
  • פרופילי GEO - רמות וצורות ביטוי של גנים מניסויים רחבי היקף.
  • HomoloGene - מאגר על קבוצות המולוגיה איקריוטיות.
  • PopSet - נתונים ממחקרים שנעשו ברמת האוכלוסייה (population set).

3.חלבונים:

  • דומיינים שמורים - מאגר הכולל אזורים שמורים בין חלבונים שונים.
  • קבוצות חלבון זהות
  • חלבון - מאגר רצפי חלבונים.
  • משפחות חלבונים - מאגר משפחות חלבונים.
  • מבני חלבון - מאגר מבני חלבון.

4. גנומים:

  • גרסאות גנום - מאגר המפרט את גרסאות הגנום לכל היצורים בעלי גנום מפוענח.
  • BioCollections -
  • BioProjects -
  • BioSampls -
  • גנום - ריצופי גנומים ומפות שלהם.
  • נוקליאוטידים - מאגר רצפי נוקליאוטידים (DNA ו-RNA).
  • SRA (Sequence read archive) - מאגר ריצופים מניסויים רחבי היקף שהופקדו על ידי חוקרים.
  • טקסונומיה - מאגר המכיל טקסונומיה.

5. קליני:

  • ClinicalTrials.gov - מאגר ניסויים קליניים.
  • ClinVar - מאגר המכיל מידע על שינויים גנטיים ואת מעורבותם במחלות.
  • dbGaP (Database of Genotypes and Phenotypes) - תוצאות מחקרים הקושרים פנוטיפ לגנוטיפ.
  • dbSNP - מאגר המכיל SNP.
  • dbVar
  • GTR
  • MedGen
  • OMIM - מאגר המכיל את כל המחלות התורשתיות הידועות באדם.

6. PubChem:

  • BioAssays - סריקת פעילות ביולוגית של חומרים כימיים.
  • תרכובות - מאגר של מבני מולקולות כימיות קטנות.
  • מסלולים
  • חומרים - מאגר של חומרים שהופקדו.

לקריאה נוספת

קישורים חיצוניים

ויקישיתוף מדיה וקבצים בנושא Entrez בוויקישיתוף

הערות שוליים

  1. ^ ניתן לראות פירוט של כל הקטגוריות ומה הן מכילות כאן.
Logo hamichlol.png
הערך באדיבות ויקיפדיה העברית, קרדיט,
רשימת התורמים
רישיון cc-by-sa 3.0