רון שמיר

מתוך המכלול, האנציקלופדיה היהודית
קפיצה לניווט קפיצה לחיפוש
רון שמיר
Ron Shamir
רון שמיר
רון שמיר
לידה 29 בנובמבר 1953 (גיל: 70)
ישראל
מקום מגורים ישראל
עיסוק מדען מחשב
מקום לימודים אוניברסיטת תל אביב, האוניברסיטה העברית, אוניברסיטת קליפורניה בברקלי
מנחה לדוקטורט ריצ'רד קרפ ואילן אדלר
תרומות עיקריות
מחקר בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית

רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור ישראלי למדעי המחשב, הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. הוא מכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר, והוא המייסד של מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב והעומד בראשו.

ראשית חייו

רון שמיר נולד בירושלים בשנת 1953, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר למד בגימנסיה העברית רחביה בירושלים. בתיכון הוא היה פעיל בצופים ובאתלטיקה, ובין הישגיו זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל.

שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לימודים לתואר שני בחקר ביצועים באוניברסיטת תל אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר.

קריירה

השנים הראשונות

שמיר החל את הקריירה המדעית שלו[1][2][3][4] בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנון ליניארי ולשיטת הסימפלקס. עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט[5]. תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו. בהמשך עבד עם דורית הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות.[6]

תורת הגרפים האלגוריתמיים

בתחילת שנות ה-90 שמיר הפנה את עיקר מרצו לתורת הגרפים האלגוריתמיים. יחד עם תלמידיו, חיים קפלן ומרטין גולומביץ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים[7], בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים[8][9]. אחד המאמרים שלו בנושא בעיית שביעות הרצון הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה-DNA; [10] הדבר סימן את כניסתו לתחום הביולוגיה החישובית.

ביואינפורמטיקה

שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי אשכולות לניתוח בעיות ביטוי גנים. המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם האשכולות של HCS[11]. אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999[12] ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות במאמרו בנושא זה, הפכו פופולריות בניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK[13] עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל[14] מצויים בשימוש רחב.

ברבות הזמן, הרחיב שמיר את מחקרו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות[15][16], סידורי גנום מחדש[17], מציאת מוטיבים רצפים[18][19], וויסות תעתיק[20][21]. כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER[22] המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה.

המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים.

פעילויות נוספות

שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של ישיבת RECOMB[23], הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בה במשך 13 שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004–2006. הוא ראש מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ומכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר[24]. שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא כתב רישומי הרצאות מקיפים הנמצאים בשימוש נרחב, בנושאי גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית), ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים ומדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב, וכן מעביר את קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תארים מתקדמים במסגרת תוכנית זו. כמו כן, ערך יחד עם פבל א' פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים"[25] .

פרסים והוקרה

חיים אישיים

שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר, פרופסור במכון וולקני. יש להם שלושה בנים והם גרים ברחובות.

קישורים חיצוניים

הערות שוליים

  1. ^ Ben-Dor, A.; Shamir, R.; Yakhini, Z. (1999), "Clustering gene expression patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–297, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567
  2. ^ Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Intelligent Systems in Molecular Biology - ISMB, 19 (14): 307–316, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350.
  3. ^ Sharan, R.; Maron-Katz, A.; Shamir, R. (2003), "CLICK and EXPANDER: a system for clustering and visualizing gene expression data", Bioinformatics, 19 (14): 1787–1799, doi:10.1093/bioinformatics/btg232, PMID 14512350
  4. ^ Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Seagull; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef (2010), "Expander: From expression microarrays to networks and functions", Nature Protocols, 5 (2): 303–22, doi:10.1038/nprot.2009.230, PMID 20134430
  5. ^ Adler, Ilan; Karp, Richard M.; Shamir, Ron (1987), "A simplex variant solving an m × d linear program in O(min(m^2, d^2)) expected number of pivot steps", Journal of Complexity, 3 (4): 372–387, doi:10.1016/0885-064X(87)90007-0
  6. ^ Hochbaum, Dorit S.; Shamir, Ron (1991). "Strongly Polynomial Algorithms for the High Multiplicity Scheduling Problem". Operations Research. 39 (4): 648–653. doi:10.1287/opre.39.4.648. ISSN 0030-364X.
  7. ^ Golumbic, Martin Charles; Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1995), "Graph Sandwich Problems", Journal of Algorithms, 19 (3): 449–473, doi:10.1006/jagm.1995.1047
  8. ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1996), "Pathwidth, Bandwidth, and Completion Problems to Proper Interval Graphs with Small Cliques", SIAM Journal on Computing, 25 (3): 540–561, doi:10.1137/S0097539793258143
  9. ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron; Tarjan, Robert E. (1999), "Tractability of Parameterized Completion Problems on Chordal, Strongly Chordal, and Proper Interval Graphs", SIAM Journal on Computing, 28 (5): 1906–1922, doi:10.1137/S0097539796303044
  10. ^ Golumbic, M.C.; Kaplan, H.; Shamir, R. (1994), "On the Complexity of DNA Physical Mapping", Advances in Applied Mathematics, 15 (3): 251–261, doi:10.1006/aama.1994.1009
  11. ^ Hartuv, E.; Shamir, R. (2000), "A clustering algorithm based on graph connectivity", Information Processing Letters, 76 (4–6): 175–181, doi:10.1016/S0020-0190(00)00142-3
  12. ^ Ben-Dor, Amir; Shamir, Ron; Yakhini, Zohar (1999), "Clustering Gene Expression Patterns", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–97, doi:10.1089/106652799318274, PMID 10582567
  13. ^ Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis", Proceedings ISMB '00, 8: 307–316C, PMID 10977092
  14. ^ Tanay, A.; Sharan, R.; Shamir, R. (2000), "Discovering statistically significant biclusters in gene expression data", Bioinformatics, 18 (1): S136–S144, doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136, PMID 12169541
  15. ^ Ulitsky, I.; Shamir, R. (2007), "Identification of functional modules using network topology and high-throughput data", BMC Systems Biology, 1 (8): 8, doi:10.1186/1752-0509-1-8, PMC 1839897, PMID 17408515
  16. ^ Mueller, F.J.; Williams, R.; Kostka, D.; Laurent, L.; Ulitsky, I.; Lu, C.; Rao, M.S.; Shamir, R.; Schwartz, P.H. (2008), "Regulatory networks define phenotypic classes of human stem cell lines", Nature, 455 (7211): 401–405, Bibcode:2008Natur.455..401M, doi:10.1038/nature07213, PMC 2637443, PMID 18724358
  17. ^ Kaplan, H.; Shamir, R.; Tarjan, R.E. (1999), "A Faster and Simpler Algorithm for Sorting Signed Permutations by Reversals", SIAM Journal on Computing, 29 (3): 880–892, doi:10.1137/s0097539798334207
  18. ^ Elkon, R.; Linhart, C.; Sharan, R.; Shamir, R.; Shiloh, Y. (2003), "Genome-Wide In Silico Identification of Transcriptional Regulators Controlling the Cell Cycle in Human Cells", Genome Research, 13 (5): 773–780, doi:10.1101/gr.947203, PMC 430898, PMID 12727897
  19. ^ Linhart, C.; Halperin, Y.; Shamir, R. (2008), "Transcription factor and microRNA motif discovery: The Amadeus platform and a compendium of metazoan target sets", Genome Research, 18 (7): 1180–1189, doi:10.1101/gr.076117.108, PMC 2493407, PMID 18411406
  20. ^ Tanay, A.; Regev, A.; Shamir, R. (2005), "Conservation and evolvability in regulatory networks: The evolution of ribosomal regulation in yeast", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 102 (20): 7203–7208, Bibcode:2005PNAS..102.7203T, doi:10.1073/pnas.0502521102, PMC 1091753, PMID 15883364
  21. ^ Belle, A.; Tanay, A.; Bitincka, L.; Shamir, R.; O'Shea, E.K. (2006), "Quantification of protein half-lives in the budding yeast proteome", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 103 (35): 13004–9, Bibcode:2006PNAS..10313004B, doi:10.1073/pnas.0605420103, PMC 1550773, PMID 16916930
  22. ^ Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Seagull; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef (2010), "Expander: From expression microarrays to networks and functions", Nature Protocols, 5 (2): 303–22, doi:10.1038/nprot.2009.230, PMID 20134430
  23. ^ RECOMB steering committee, including former member Ron Shamir. Accessed January 12, 2014
  24. ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Members of the steering committee of the Edmond J. Safra Center for Bioinformatics
  25. ^ Pevzner, Pavel; Shamir, Ron (2011), Bioinformatics for biologists, Cambridge University Press, ISBN 9781107648876
  26. ^ Sharan, Roded; Ideker, Trey; Kelley, Brian; Shamir, Ron; Karp, Richard M. (ביולי 2005). "Identification of protein complexes by comparative analysis of yeast and bacterial protein interaction data". Journal of Computational Biology. 12 (6): 835–846. doi:10.1089/cmb.2005.12.835. ISSN 1066-5277. PMID 16108720. {{cite journal}}: (עזרה)
  27. ^ ACM fellow profile, Association for Computing Machinery
  28. ^ RECOMB award winners. Accessed January 12, 2014
  29. ^ Landau Prize Winners for 2010 (Hebrew). Accessed January 12, 2014
  30. ^ Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) keynote speakers, ISMB. Accessed January 12, 2014.
Logo hamichlol 3.png
הערך באדיבות ויקיפדיה העברית, קרדיט,
רשימת התורמים
רישיון cc-by-sa 3.0

אוחזר מתוך "https://www.hamichlol.org.il/w/index.php?title=רון_שמיר&oldid=1778836"