שגיאות פרמטריות בתבנית:אישיות ביטחונית פרמטרים [ תקופת שירות, תפקידים צבאיים ] לא מופיעים בהגדרת התבנית פרמטרים ריקים [ עלה לישראל, מלחמות וקרבות ] לא מופיעים בהגדרת התבנית
ב-1 בינואר1980 מונה שפיר לתפקיד המפכ"ל ה-7 של משטרת ישראל. שפיר הכניס למשטרת ישראל שיטות טיפול בכוח אדם שהיו מקובלות בצה"ל, במטרה לשפר את איכות המשרתים במשטרה. בין השאר, פורסם בדבר שהוא עובר על תיקיהם של כל המועמדים לתפקידים בכירים ואינו מסתפק, כמו קודמיו, בהמלצות שקיבל מפקודיו[5]. בתאריך 31 בדצמבר 1980 שפיר הודח מתפקידו, על ידי שר הפנים והמשטרה, יוסף בורג, אשר טען כי לא דווח אמת. לטענת שפיר, הפיטורים בוצעו על רקע טיפול המשטרה בשחיתויות של נבחרי ציבור ממפלגתו של שר הפנים והמשטרה ובעיקר מה שידוע כפרשת תיק אפרסק שעסק בבורג עצמו. "תיק אפרסק" מעולם לא הבשיל לכדי האשמות ספציפיות, ויש המייחסים זאת לפיטורי המפכ"ל הרצל שפיר.
תפקידיו הציבוריים
מאז פרישתו מהשירות במשטרה שימש שפיר כיו"ר וחבר במספר ועדות ציבוריות, בהן:
ועדת שפיר שמינה הרמטכ"לאהוד ברק ב-1992, לבחינת ניצול מיטבי של כוח האדם בצה"ל במגמה להמליץ על דרכי פעולה לצמצום ימי שירות המילואים הפעיל וקיצור שירות החובה בעתיד.